SUPPORTING INFORMATION Table S1. List of all synthesized variants of the Chlamydomonas reinhardtii psbD 5’ untranslated region #
sequence
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Table S2. List of all synthesized variants of the downstream 100 nucleotides of the Chlamydomonas reinhardtii psaA 5’ untranslated region # A001 A002 A003 A004 A005 A006 A007 A008 A009 A010 A011 A012 A013
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A593 A594 A595 A596 A597 A598 A599 A600 A601 A602 A603 A604 A605 A606 A607 A608 A609 A610 A611 A612 A613 A614 A615 A616 A617 A618 A619 A620 A621 A622 A623
ACCATGCATTTTTTATGAACACATAAAAAAAAAAAACGTTGCTAATGGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA AAAAAAAAAAAAAAAAAAAA ACCATGCATTTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACGTTGCTAATGGTGTAAATAATGTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA AAAATTATAAGGAGAAAAAA AAAAAAAAAAAATTATGAACACATAAAAAAAAAAAACGTTGCTAATGGAAAAAAAAAAAAATTTATTAAATTAAATAATT GTTATTATAAGGAGAAAAAA ACCATGCATTTTTTATGAACACATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATTTATTAAATTAAAAAAAA AAAATTATAAGGAGAAATCC ACCATGCATTTTTTATGAACAAAAAAAAAAAAAAAACGTTGCTAATGGTGTAAATAATGTATTTATTAAATTAAATAATT GTTATTATAAGGAGAAATCC AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATAATTAAAAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATAATT GTTAAAAAAAAAAAAAAAAA ACCATGCATTTTTTATGAACACATAAAAAAAAAAAACGTTGCTAATGGTGTAAATAATGTATTTATTAAATTAAAAAAAA AAAAAAAAAAAAAAAAATCC ACCATGCATTTTTTATGAACACATAATAATTAAAAGCGTTGCTAATGGTGTAAATAAAATATTTATTAAATTAAATAATT GTTATTATAAGGAGAAATCC ACCATGCATTTTTTATGAACACATAATAATTAAAAGCGTTGCTAATGGTGAAAAAAAAGTATTTATTAAATTAAATAATT GTTATTATAAGGAGAAATCC ACCATGCATTTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACGTTGCTAATGGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATAATT GTTAAAAAAAAAAAAAAAAA AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATGTAAATAATGTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA AAAAAAAAAAAAAAAAATCC ACCATGCATTTTTTATGAACAAAAAATAATTAAAAGCGTTGCTAATGGTGTAAATAATGTATTTATTAAATTAAATAATT GTTATTATAAGGAGAAATCC AAAAAAAAAAAATTATGAACACATAAAAAAAAAAAACGTTGCTAATGGTGTAAATAATGTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA AAAATTATAAGGAGAAATCC ACCATGCATTTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATGTAAATAATGTATTTATTAAATTAAATAATT GTTAAAAAAAAAAAAAAAAA ACCATGCATTTTTTATGAACACATAAAAAAAAAAAACGTTGCTAATGGAAAAAAAAAAAAATTTATTAAATTAAAAAAAA AAAATTATAAGGAGAAAAAA ACCATGCATTTTAAAAAAAAAAAAAATAATTAAAAGAAAAAAAAAAAATGTAAATAATGTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA AAAAAAAAAAAAAAAAAAAA ACCATGCATTTTTTATGAACACATAAAAAAAAAAAACGTTGCTAATGGAAAAAAAAAAAAATTTATTAAATTAAAAAAAA AAAATTATAAGGAGAAATCC AAAAAAAAAAAATTATGAACACATAAAAAAAAAAAACGTTGCTAATGGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA AAAAAAAAAAAAAAAAATCC AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACGTTGCTAATGGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA AAAAAAAAAAAAAAAAAAAA ACCATGCATTTTTTATGAACACATAATAATTAAAAGCGTTGCTAATGGTGTAAATAATGTATTTATTAAAATAAATAATT GTTATTATAAGGAGAAATCC ACCATGCATTTTTTATGAACACATAAAAAAAAAAAACGTTGCTAATGGTGTAAATAATGTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA AAAAAAAAAAAAAAAAATCC ACCATGCATTTTTTATGAACACATAATAATTAAAAGCGTTGCTAATGGTGTAAATAATGTATTTATTAAATTAAATAATT GTTATTATAAGGAGAAAACC AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACGTTGCTAATGGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATAATT GTTATTATAAGGAGAAATCC AAAAAAAAAAAATTATGAACACATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA AAAAAAAAAAAAAAAAATCC ACCATGCATTTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACGTTGCTAATGGAAAAAAAAAAAAATTTATTAAATTAAAAAAAA AAAATTATAAGGAGAAAAAA ACCATGCATTTTTTATGAACACATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATGTATTTATTAAATTAAATAATT GTTATTATAAGGAGAAATCC AAAAAAAAAAAATTATGAACACATAATAATTAAAAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATAATT GTTAAAAAAAAAAAAAATCC AAAAAAAAAAAATTATGAACACATAATAATTAAAAGCGTTGCTAATGGAAAAAAAAAAAAATTTATTAAATTAAATAATT GTTATTATAAGGAGAAAAAA ACCATGCATTTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACGTTGCTAATGGAAAAAAAAAAAAATTTATTAAATTAAAAAAAA AAAAAAAAAAAAAAAAAAAA ACCATGCATTTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATTTATTAAATTAAAAAAAA AAAATTATAAGGAGAAAAAA AAAAAAAATTTTTTATGAACACATAATAATTAAAAGCGTTGCTAATGGTGTAAATAATGTATTTATTAAATTAAATAATT
A624 A625 A626 A627 A628 A629 A630 A631 A632 A633 A634 A635 A636 A637 A638 A639 A640 A641 A642 A643 A644 A645 A646 A647 A648 A649 A650 A651 A652 A653
GTTATTATAAGGAGAAATCC ACCATGCATTTTTTATGAACACATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA AAAATTATAAGGAGAAAAAA ACCATGCATTTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATAATT GTTAAAAAAAAAAAAAAAAA ACCATGCATTTTAAAAAAAAAAAAAATAATTAAAAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATTTATTAAATTAAATAATT GTTAAAAAAAAAAAAAAAAA ACCATGCATTTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACGTTGCTAATGGTGTAAATAATGTATTTATTAAATTAAAAAAAA AAAATTATAAGGAGAAATCC AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATTTATTAAATTAAAAAAAA AAAAAAAAAAAAAAAAATCC ACCATGCATTTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATGTAAATAATGTAAAAAAAAAAAAAAATAATT GTTAAAAAAAAAAAAAAAAA ACCATGCATTTTTTATGAACACATAATAATTAAAAGCGTTGCTAATGGTGTAAATAATGTATTTATTAAATTAAAAAATT GTTATTATAAGGAGAAATCC AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATAATTAAAAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA AAAAAAAAAAAAAAAAAAAA AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA AAAAAAAAAAAAAAAAAAAA ACCATGCATTTTAAAAAAAAAAAAAATAATTAAAAGCGTTGCTAATGGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA AAAATTATAAGGAGAAAAAA AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACGTTGCTAATGGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATAATT GTTAAAAAAAAAAAAAAAAA AAAAAAAAAAAATTATGAACACATAATAATTAAAAGAAAAAAAAAAAATGTAAATAATGTAAAAAAAAAAAAAAATAATT GTTATTATAAGGAGAAAAAA ACCATGCATTTTTTATGAACACATAATAATTAAAAGCGTTGCTAATGGTGTAAAAAAAAAAATTATTAAATTAAATAATT GTTATTATAAGGAGAAATCC AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACGTTGCTAATGGTGTAAATAATGTATTTATTAAATTAAATAATT GTTATTATAAGGAGAAAAAA AAAAAAAAAAAATTATGAACACATAATAATTAAAAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATAATT GTTATTATAAGGAGAAATCC AAAAAAAAAAAATTATGAACACATAATAATTAAAAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA AAAATTATAAGGAGAAAAAA ACCATGCATTTTTTATGAACACATAATAATTAAAAGCGTTGCTAATGGTGTAAATAATGTATTTATTAAATTAAATAATT GTTATTATAAAAAAAAAACC AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATAATTAAAAGCGTTGCTAATGGTGTAAATAATGTATTTATTAAATTAAATAATT GTTATTATAAGGAGAAAAAA ACCATGCATTTTTTAAAAAAAAATAATAATTAAAAGCGTTGCTAATGGTGTAAATAATGTATTTATTAAATTAAATAATT GTTATTATAAGGAGAAATCC ACCATGCATTTTTTATGAACACATAATAATTAAAAGCGTTGCTAATGGTGTAAATAATGTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA AAAATTATAAGGAGAAAAAA ACCATGCATTTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATTTATTAAATTAAAAAAAA AAAAAAAAAAAAAAAAATCC ACCATGCATTTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATTTATTAAATTAAATAATT GTTATTATAAGGAGAAATCC ACCATGCATTTTTTATAAAAAAAAAATAATTAAAAGCGTTGCTAATGGTGTAAATAATGTATTTATTAAATTAAATAATT GTTATTATAAGGAGAAATCC AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACGTTGCTAATGGTGTAAATAATGTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA AAAAAAAAAAAAAAAAAAAA ACCATGCATTTTTTATGAACACATAAAAAAAAAAAACGTTGCTAATGGTGTAAATAATGTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA AAAAAAAAAAAAAAAAAAAA AAAAAAAAAAAATTATGAACACATAAAAAAAAAAAACGTTGCTAATGGTGTAAATAATGTAAAAAAAAAAAAAAATAATT GTTATTATAAGGAGAAAAAA ACCATGCATTTTTTATGAACACATAATAATTAAAAGCGTTGCTAATGGTGTAAATAATGTATTTATTAAATTAAATAAAA GTTATTATAAGGAGAAATCC ACCATGCATAAAATATGAACACATAATAATTAAAAGCGTTGCTAATGGTGTAAATAATGTATTTATTAAATTAAATAATT GTTATTATAAGGAGAAATCC AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATAATTAAAAGCGTTGCTAATGGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA AAAAAAAAAAAAAAAAAAAA AAAAAAAAAAAATTATGAACACATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATAATT GTTATTATAAGGAGAAATCC
A654 A655 A656 A657 A658 A659 A660 A661 A662 A663 A664 A665 A666 A667 A668 A669 A670 A671 A672 A673 A674
AAAAAAAAAAAATTATGAACACATAATAATTAAAAGAAAAAAAAAAAATGTAAATAATGTATTTATTAAATTAAAAAAAA AAAATTATAAGGAGAAAAAA ACCATGCATTTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACGTTGCTAATGGTGTAAATAATGTATTTATTAAATTAAAAAAAA AAAATTATAAGGAGAAAAAA ACCATGCATTTTTTATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATGTAAATAATGTATTTATTAAATTAAATAATT GTTATTATAAGGAGAAATCC AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATGTAAATAATGTAAAAAAAAAAAAAAATAATT GTTATTATAAGGAGAAATCC AAAAAAAAAAAATTATGAACACATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA AAAATTATAAGGAGAAATCC AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATAATTAAAAGAAAAAAAAAAAATGTAAATAATGTATTTATTAAATTAAAAAAAA AAAAAAAAAAAAAAAAATCC ACCAAAAAAAAAAAAAAAAAACATAATAATTAAAAGCGTTGCTAATGGTGTAAATAATGTATTTATTAAATTAAATAATT GTTATTATAAGGAGAAATCC ACCATGCATTTTAAAAAAAAAAAAAATAATTAAAAGCGTTGCTAATGGAAAAAAAAAAAAATTTATTAAATTAAATAATT GTTAAAAAAAAAAAAAATCC ACCATGCATTTTTTATGAACACATAAAAAAAAAAAACGTTGCTAATGGTGTAAATAATGTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA AAAATTATAAGGAGAAAAAA AAAAAAAAAAAATTATGAACACATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA AAAAAAAAAAAAAAAAAAAA AAAAAAAAAAAATTATGAACACATAATAATTAAAAGCGTTGCTAATGGAAAAAAAAAAAAATTTATTAAATTAAATAATT GTTATTATAAGGAGAAATCC AAAAAAAAAAAATTATGAACACATAATAATTAAAAGCGTTGCTAATGGTGTAAATAATGTATTTATTAAATTAAATAATT GTTATTATAAGGAGAAAAAA AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATGTAAATAATGTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA AAAATTATAAGGAGAAATCC ACCATGCATTTTTTATGAACACATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATGTAAATAATGTATTTATTAAATTAAATAATT GTTAAAAAAAAAAAAAATCC AAAAAAAAAAAATTATGAACACATAATAATTAAAAGCGTTGCTAATGGAAAAAAAAAAAAATTTATTAAATTAAATAATT GTTAAAAAAAAAAAAAAAAA AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATAATTAAAAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATAATT GTTATTATAAGGAGAAAAAA ACCATGCATTTTTTATGAACACATAAAAAAAAAAAACGTTGCTAATGGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATAATT GTTAAAAAAAAAAAAAAAAA AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATAATTAAAAGCGTTGCTAATGGAAAAAAAAAAAAATTTATTAAATTAAAAAAAA AAAATTATAAGGAGAAAAAA AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATGTAAATAATGTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA AAAAAAAAAAAAAAAAAAAA ACCATGCATTTTTTATGAACACATAATAATTAAAAGCGTTGCTAATGGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA AAAATTATAAGGAGAAATCC ACCATGCATTTTTTATGAACACATAAAAAAAAAAAACGTTGCTAATGGAAAAAAAAAAAAATTTATTAAATTAAATAATT GTTATTATAAGGAGAAATCC
Table S3. Primers used in this study; NGS = next generation sequencing Name
Sequence
Used for
LS78 LS79 LS80 LS81 LS82 LS83 F-psaA
ATCAACCACCUGAACTATCTCAAACAGAAGTTATG AGGTGGTTGAUAAGTTAAAAGGAAGTTACCAAATTTCATATG ACATATGATGUAAAAAAAACTATTTGTCTAATTTAATA ACATCATATGUTATATTATACCATAAATATATTTTTTATTG AAAAAATGCTTAUTTTTAATTTTATTTTATATAAGTTATAAT ATAAGCATTTTTUACACACATATTTTTAAATAAATC GTCCAGGATGTAAAAAAAACTATTTGTCTAATTTAATA
F-psbD
GCAGTGGCTTATTTTTAATTTTATTTTATATAAGTTATAATATTAAA
Fwd for amplifying pGEM vector Rev for amplifying oligo library Fwd for amplifying psaA library Rev for amplifying pGEM for psaA Fwd for amplifying psbD library Rev for amplifying pGEM for psbD Fwd with barcode for amplifying psaA UTRs for NGS Fwd with barcode for amplifying psbD
R-OLS R-USER R-TV R-HighLux R-MedLux R-LowLux LS191
GCACTGAAAGGAAGTTACCAAATTTCATATG CGGTACAAAGGAAGTTACCAAATTTCATATG GTGCTGAAAGGAAGTTACCAAATTTCATATG CCAGTCAAAGGAAGTTACCAAATTTCATATG GCTAGCAAAGGAAGTTACCAAATTTCATATG CGAGTGAAAGGAAGTTACCAAATTTCATATG CCAAATTTCATATGTTTTTTTTTTTTATAATTTTTTTTTTTTAATTTAA TAAATACATTA
LS32 TAGGATCCCTTTTACGAATACACATATGGTAAAAAATAAAAC LS185 LS203 LS204 LS188 LS189 LS186 LS187 LS184 Lux230R
ACGCGTGGAUCCCTTTTACGAATACACATATG AAAAGGAAGUTACCAAATTTCATATG ACTTCCTTTUAACTTATCAACCACC ACTAGGGTTCUCAGAGGCACC AGAACCCTAGUTATAGTGATATAAAATAACTAGC AAGAACTCUGTAGCACCGCCTAC AGAGTTCTUGAAGTGGTGGCCTAAC ATCCACGCGUTAATAGCTCACTTTTC CAATAGCAGCAGTACCAAC
Lab79
CCGAACTGAGGTTGGGTTTA
Lab80
GGGGGAGCGAATAGGATTAG
Lab87 694Kan-R LS182 LS183 LS129 LS130
GTGCTAGGTAACTAACGTTTGATTTTT CTCCGATGCATCCTCTCTTAGG AGCATCAACAACAGAATGGGCTGC TCGTAACCGTGTTCAGTAGCAACTTC ACGATGCGGATTGGTTTAGAGAGC ACGTGACGTTCCATTTGTGTCCC
UTRs for NGS Rev with barcode for amplifying original oligo library for NGS Rev with barcode for amplifying pGEM-vector library for NGS Rev with barcode for amplifying transformation vector library for NGS Rev with barcode for amplifying high expression lines for NGS Rev with barcode for amplifying medium expression lines for NGS Rev with barcode for amplifying low expression lines for NGS For constructing synthetic psaA UTR For constructing synthetic psaA UTR; also F primer for UTR amplification from individual clones of interest USER cloning of synthetic UTR; UTR fragment F USER cloning of synthetic UTR; UTR fragment R USER cloning of synthetic UTR; vector fragment 1 F USER cloning of synthetic UTR; vector fragment 1 R USER cloning of synthetic UTR; vector fragment 2 F USER cloning of synthetic UTR; vector fragment 2 R USER cloning of synthetic UTR; vector fragment 3 F USER cloning of synthetic UTR; vector fragment 3 R R primer for amplifying and sequencing individual UTRs of interest Amplifies control 16S gene in homoplasmic PCR screen Amplifies control 16S gene in homoplasmic PCR screen Amplifies gene integration locus in homoplasmic PCR screen Amplifies gene integration locus in homoplasmic PCR screen Fwd for qPCR of Lux amplicon Rev for qPCR of Lux amplicon Fwd for qPCR of chlB amplicon Rev for qPCR of chlB amplicon
